Освен с подобрените си характеристики, новата операционна система Snow Leopard на Apple "впечатли" и с несъвместимостта с редица приложения и помощни програми. Най-коментирани са продуктите на Adobe от пакета Creative Suite 3.
Разработчикът на графичен софтуер обаче обяви, че няма да пуска обновление на своя пакет специално за новата ОС. Потребителите на версия 3 ще трябва да преминат към следващата версия 4, приложенията в която не страдат от проблеми с Mac OS X Snow Leopard.
Apple публикува списък и с помощните програми, които не са съвместими с новата ОС. Това са:
* Parallels Desktop, ver. 2.5 и по-ранни
* McAfee VirusScan, ver. 8.6
* Norton AntiVirus ver. 11.0
* Internet Cleanup 5 ver. 5.0.4
* Application Enhancer ver. 2.0.1 и по-ранни
* Unsanity
* AT&T Laptop Connect Card ver. 1.0.4, 1.0.5, 1.10.0
* launch2net ver, 2.13.0
* iWOW plug-in for iTunes ver. 2.0
* Missing Sync for Palm Sony CLIE Driver ver. 6.0.4
* TonePort UX8 Driver ver. 4.1.0
* ioHD Driver ver. 6.0.3
* Silicon Image SiI3132 Drivers ver. 1.5.16.0
Възможни са също проблеми с Parallels Desktop ver. 3.0, VirusBarrier X4 ver. 10.4.4 и по-ранни, SPSS 17 ver. 17.1, Director MX 2004 ver. 10.2, EyeTV ver. 3.0.0 to 3.1.0,Ratatouille ver. 1.1, Aperture ver. 2.1.1 и по-ранни, Keynote ver. 2.0.2 и по-ранни, AirPort Admin Utility for Graphite and Snow ver. 4.2.5.
В допълнение, Apple обяви, че Snow Leopard поддържа принтери по-добре, отколкото предишни версии на системата. Функцията Software Update автоматично търси обновления на драйвери и софтуер за принтери.